核酸檢測的方法是指鼻拭子、咽拭子、取分泌物、取糞便、抽血檢測等，核酸檢測可以根據具體是何系統發生的感染來決定。一般上呼吸道感染鼻拭子檢測、咽拭子檢測都很準確，下呼吸道感染取下呼吸道分泌物檢測，消化道感染可做肛拭子核酸檢測，血液傳播性疾病取血標本做核酸檢測，所以目前沒有最準確的核酸檢測方法，一切依情況而定。
1、上呼吸道感染：發生上呼吸道感染，比如流感、新型冠狀病毒感染，可以做呼吸道分泌物的檢測，最常用的是咽拭子，通常口咽拭子或鼻咽拭子從口腔采集或從鼻腔采集咽喉部位的上皮細胞，檢測細胞內是否有核酸或該部位的呼吸道分泌物，檢測有沒有新型冠狀病毒核酸或流感核酸。
2、下呼吸道感染：對于重癥病例還有可能采集下呼吸道的分泌物，比如深度誘導排痰或進行氣管鏡、取肺泡灌洗液做核酸檢測。
3、消化道感染：部分新型冠狀病毒肺炎患者表現為消化道癥狀，如嘔吐、腹瀉等可以做糞便的核酸檢測，也可以做肛拭子的核酸檢測，比如輪狀病毒感染或諾如病毒感染通常取糞便或肛拭子。
4、血液傳播疾病：比如乙肝、丙肝、艾滋病等一般是取血標本做核酸檢測，一方面是評估病毒是否在復制，另一方面是用于評估治療效果，如果進行抗病毒治療后核酸的定量越來越低，一直到檢測不到說明治療有效。
核酸檢測選擇何種方式取決經何途徑傳播，取決于在何系統發生繁殖、復制，所以要根據不同的情況選擇合適的檢測方式。
